《本草经集注》（约公元480－498年前）是南北朝梁代陶弘景所编著。陶氏认为《本经》自“魏晋以来，吴普、李当之等更复损益，或五百九十五，或四百四十一，或三百一十九，或三品混揉，冷热交错，草石不分，虫兽无辨，且所主治，互有得失，医家不能备见”等问题，于是给予整理、作注。又从《名医别录》中选取365种药与《本经》合编，用红、黑二色分别写《本经》与《别录》的内容，名之为《本草经集注》。

本书共7卷，载药730种，分玉石、草木、虫兽、果、菜、米食、有名未用7类，这是药物分类的一个进步，但每类之中仍分三品。又创“诸病通用药”，如治风通用药有防风、防已、秦艽、芎劳等，治黄疽通用药有茵陈。柜子、紫草等。这对临床选择用药，有很大的助益。对药物的产地、采集时间。炮制、用量、服法、药品真伪等与疗效的关系，均有所论述。本书问世后有很大的影响，唐代的《新修本草》就是在此书基础上补充修订而成的。

本书原书已佚，现仅存有敦煌石室所藏的残本。但原书中的主要内容，还可从《证类本草》和《本草纲目》之中见到。

学术价值：
1 首创按药物自然属性分类的方法。
2 对药物的形态、行为、产地、采制、剂量、真伪等作了较为详尽的论述。强调产地和采制方法与疗效的密切关系。
3 首创“诸病通用药”。如：治风通用防风、防己、秦九、川芎等。
4 考定了古今用药的度量衡，规定了汤、酒、膏、丸的制作规范。
5 初步确立了综合性本草著作的编写模式。