连横的《台湾通史》，仿司马迁《史记》体例，时间从隋朝大业元年至清光绪21年（1895年），横跨1290年的历史时空，将包罗万象之内容纳入88篇之中。其突出的特点，一是典据精深，记述详明，因立足奠基台湾史，故史料编撰宁详勿略，宁取无弃。无论是旧籍疏略之岛内抚垦拓殖的情况、故纸未载之相逼而来的外交兵祸，还是岛内动植矿物等天然资源的种类及分布情况、稻米糖茶等诸种作物乃至食用方法，或据资料详细系统地载录下来，或依耳闻目睹据实列述，内容扎实，使《台湾通史》成为文献大宗。二是较以往修史注重兵、刑、礼、乐者，凸显“民贵”史观，对岛内民生之丰啬、民德之隆污，特别是攸关国民生计之官方奏疏一律详细载录，以供后人借鉴。三是对以往史书以“岛夷海寇”视之而一笔代过之郑成功驱逐荷兰殖民者以及其后率领大陆同胞迁台拓台的事迹给予重新矫正定位；对台湾人民介乎以卵击石、艰贞抵御日侮的历史详情，更是重笔彩墨，致意再三。四是全书既体现了台湾与祖国大陆在政治、经济、法律、典仪、文化、宗教等方面一脉相传的历史渊源，又突出了台湾的地方特色，安排有序，相得益彰。

全书内容起于隋大业元年，终于清光绪二十一年，时间横跨1290年，有纪四、志二十四、传六十。从最早到达台湾的开拓者，到清中后期抵抗日本侵略的志士将领，凡有关台湾的政治、军事、经济、物产、风俗、人物等等，均有论列。本书曾由作者于1920～1921年在台湾分三册出版，内地流传极少。商务印书馆于1945年抗日战争胜利前夕，曾将其重新出版，此后亦有重印，但读者现在也不易找到当时版本。